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写作欠佳的医学研究论文的一个常见问题是缺乏一个对研究目的或依据的明确阐述。这一问题可能反映出该项研究从一开始便缺乏明确的实验设计，并且这种缺陷延续至论文写作。这样常常会导致论文稿件重点不明确，使得读者需要费力搜索论文的相关性和主题。
为了避免这种缺陷，作者在着手研究之前，应该先问问自己这些问题:
该项目是否值得做？它是否会产生重要的、新的信息，还是它仅仅是重复一些已经发表的或者众所周知的知识？
研究人员是否具备足够的资源（设备、技术、研究群体、统计/分析能力、时间等），以便顺利完成该项目？
目标读者是谁？
如果能确定地回答这些问题，那么研究人员应该列出一个大纲，详细计划他们执行该项目从始至终将采取的步骤。他们计划中的每项实验，都应该与这项研究的目标紧密相关。他们甚至可以基于可能出现的结果（无论支持抑或不支持他们的目标，积极抑或消极），提前撰写一个初稿。在整个项目过程中，他们也应定期检查，以确定研究路线忠于一开始所制定的目标。他们可能意识到最初的目标是不切实际的，站不住脚的，或无法实现的。如果是这样，他们应该马上放弃或重新定位他们的研究方向。调整方向并不意味着失败。
在完成该项目时，或者在项目进行之中，作者开始撰写手稿时，必须时刻谨记他们最初制定的目标，并相应地构建论文。作者获得了所有实验结果的时候，需要重新对这些结果进行评估，以确保每一部分结果仍然与他们将在文中写下的研究目标紧密相联。一篇论文的主要目的可能由几个不同的观点支持，而每一个观点也可能由几个子观点所支持。对于每一部分的实验结果，作者应该问问，这个结果能证明个子观点？任何结果，如果不支持任何子观点，都不应该出现在论文当中。
一篇撰写良好的研究论文，不仅具有表述清楚的假设（问