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养殖水体中亚硝酸盐、氨氮、硫化氢、pH值、化学耗氧量等含量的高低将决定着养殖水质的好坏。在养殖过程中，养殖水体如果亚硝酸盐、氨氮、硫化氢、pH值等指标过高，将给养殖的水生动物带来很大的危害。
  亚硝酸盐是氨转化为硝酸盐过程中的中间产物，在养殖水体中由于大量的投饵而留下的残饵、水体中水生动物的大量排泄物的累积和定期使用的消毒药剂，把有害的和有益的细菌通通杀灭，氧气的供应不足，造成大量积累的氮素硝化过程受阻，形成养殖时水中氨氮和亚硝酸氮含量高，但由于氨氮的转化速度较快，使得亚硝酸氮的问题最为突出。当水中的亚硝酸盐浓度积累到0.1毫克/升后，亚硝酸盐将对水体中养殖的鱼、虾产生危害。其作用机理主要是通过鱼虾的呼吸作用，由鳃丝进入血液，鱼、虾红细胞数量和血红蛋白数量逐渐减少，血液载氧能力逐渐减低，出现组织缺氧。此时鱼、虾摄食量降低，鳃组织出现病变，呼吸困难、躁动不安或反应迟钝，从而导致鱼虾缺氧，甚至窒息死亡。亚硝酸盐还可与仲胺类反应生成致癌性的亚硝酸胺类物质，pH值低时有利于亚硝酸胺形成。很多池塘出现鱼虾厌食现象，亚硝酸盐过高就是主要原因之一。
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如何降低亚硝酸盐的浓度是改良水质提高养殖效益的关键，减低亚硝酸盐的方法主要有：在水体中泼洒芽孢杆菌、光合细菌、硝化细菌、放线菌等微生物制剂，通过微生物分解亚硝酸盐。EM生态益生菌原液渗入水体后，能抑制病原微生物和有害微生物，调整养殖生态环境，提高水中溶氧量。EM生态益生菌原液中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氮及氨基酸，兼有反硝作用，消除水中的亚硝酸铵，从而净化养殖池中的排泄物和残饵，改善水质，大大减少鱼虾疾病。