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当CEMS安装在矩形烟道时，若烟道截面的高度大于4米，则不宜在烟道顶层开设参比方法采样孔；若烟道截面的宽度大于4米，则应在烟道两侧开设参比方法采样孔，并设置多层采样平台。
在CEMS 监测断面下游应预留参比方法采样孔，采样孔位置和数目按照GB/T16157的要求确定。现有污染源参比方法采样孔内径应≥80mm，新建或改建污染源参比方法采样孔内径应≥90mm。在互不影响测量的前提下,参比方法采样孔应尽可能靠近 CEMS监测断面。当烟道为正压烟道，应采用带闸板阀的密封采样孔。
测定位置应避开烟道弯头和断面急剧变化的部位。对于颗粒物CEMS和流速CMS，应设置在距弯头、阀门、变径管下游方向不小于4倍烟道直径，以及距上述部件上游方向不小于2倍烟道直径处；对于气态污染物CEMS，应设置在距弯头、阀门、变径管下游方向不小于2倍烟道直径，以及距上述部件上游方向不小于0.5倍烟道直径处。对矩形烟道，其当量直径D=2AB/(A+B)，式中A、B为边长。