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食品真空保存柜中*重要的其一环节就是除氧。尤其是干果、干货、咖啡豆、粮食及名贵中草药等行业在使用当中，遇到的问题有很多，利用真空保存柜的主要作用是除氧，这样利于防止各类所存储物品的变质，其原理也比较简单，因各类食用品霉腐变质主要由微生物的活动造成，而大多数微生物（如霉菌和酵母菌）的生存是需要氧气的，而真空保存柜就是运用这个原理，把容器内和食品与所存储物品细胞内的氧气抽掉，使微生物失去“生存的环境”。实验证明：当真空保存柜内的氧气浓度≤1％时，微生物的生长和繁殖速度就急剧下降，氧气浓度≤0．5％，大多数微生物将受到抑制而停止繁殖。（注：真空保存柜不能抑制厌氧菌的繁殖和酶反应引起的食品变质和变色，因此还需与其他辅助方法结合，如冷藏、速冻、脱水、高温杀菌、辐照灭菌、微波杀菌、盐腌制等。 ）
  真空保存柜除了抑制微生物的生长和繁殖外，另一个重要功能是防止食品氧化，因油脂类食品中含有大量不饱和脂肪酸，受氧的作用而氧化，使食品变味、变质。此外，氧化还使维生素A和维生素C损失，食品色素中的不稳定物质受氧的作用，使颜色变暗。所以，食品真空保存柜能有效地防止食品变质，保持其色、香、味及营养价值。
真空保存柜进一步的改进思路：真空保存柜在抽真空后再充入氮气、二氧化碳、或2—3种气体的混合气体。其中氮气是惰性气体，起充填作用，使真空保存柜内保持正压，以防止真空保存柜外空气进入袋内，对食品起到一个保护作用。二氧化碳气能够溶于各类脂肪或水中，形成酸性较弱的碳酸，有抑制霉菌、腐败细菌等微生物的活性。