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②科学仪器鉴定法，包括物相分析法、结构分析法、化学成分分析法和波谱分析法。
物相分析是在矿物外表特征鉴定的基础上，比较精确地测定矿物的某些物理性质或晶体结构的某些参数，从而确定出矿物的种名；结构分析则是利用X射线等高能电磁波在晶体中产生的衍射效应，来研究和确定矿物晶体的内部结构。
物相分析和结构分析的内容包括比重的测定、透明矿物光性的测定、不透明矿物光性的测定、电子显微镜分析、X射线衍射分析、热分析等。
化学成分分析法是确定矿物化学组成的方法。常用的有粉末研磨法、斑点试验法、显微化学分析法、染色法、合理分析法(矿石物相分析法)、极谱分析法、光谱分析法、激光显微光谱分析法、原子吸收光谱分析法、X射线荧光光谱分析法、电子探针X射线显微分析法、中子活化分析法等。
波谱分析法，是利用从射频波、微波、红外线、可见光、紫外线直至X射线、γ射线等整个电磁波谱的发射和吸收效应，对矿物成分和结构进行测定的方法。其常用的技术手段，有红外吸收光谱、核磁共振、电子自旋共振(顺磁共振)、穆斯堡尔效应等，在测定中，视具体矿物而定。