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RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation, RNA结合蛋白免疫沉淀）是研究体内 RNA 与蛋白结合情况的技术，主要包括RIP-qPCR和RIP-seq两种；其中RIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知RNA，RIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知RNA。


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RNA免疫沉淀RIP实验原理


细胞裂解后，孵育结合了抗体的珠子，诱饵蛋白通过其抗体结合到Beads上，同时和诱饵蛋白互作的RNA，也一起沉淀到Beads上。洗涤掉未结合的RNA后，再用洗脱液将RNA-蛋白复合物从Beads洗脱下来，便得到RNA免疫沉淀产物。RIP产物既可用qPCR检测已知RNA，也可以二代测序检测未知RNA。



当没有合适的诱饵蛋白抗体时，可以通过表达融合了flag标签的诱饵蛋白，利用flag标签做免疫沉淀。即细胞过表达Flag-Bait，经裂解后与anti-Flag珠子孵育，诱饵融合蛋白与Beads结合，与诱饵融合蛋白互作的RNA“共沉淀”到Beads上，再经洗涤、洗脱后做qPCR或NGS测序。



研究路线


细胞、CAM和小鼠实验均表明PART1水平与胃癌的恶性程度、转移能力呈负相关
RNA-seq实验发现高表达的PART1下调了PI3K-Akt通路的一些基因，上调了肿瘤抑制基因PLZF，肿瘤组织检测和TCGA数据库资料确定了该结果
RNA pull-down结合质谱鉴走技术首次发现了PART1的潜在结合蛋白——AR(已有研究表明AR可以激活前列腺瘟中的PLZF并抑制其增殖
RNA pull down WB和 RIP qPCR实验确定了PART1与AR的相互作用
ChIP和双荧光素酶实验表明AR与PLZF启动子的2个位点结合，PLZF启动子因AR、PART1的单独作用或两者的协同作用而激活
数据库调查和Co-IP结果均显示PIZF蛋白与EZH2蛋白结合
ChIP-qPCR结果表明PI3K-Akt通路蛋白PDGFB的启动子与PIZF、EZH2蛋白结合、且该区域发生H3K27me3修饰

功能回复实验表明， PDGFB过表达可以部分回复PART1对GC细胞生长、迁移和